我国在农业上使用不少农药，环境污染已构成社会性的问题。臭氧具有强氧化力与杀菌作用，作为防止药害及环境污染的一个手段正在各行业得以应用，如设施园艺（营养液栽培），种子育苗，保鲜等的杀菌消毒，另外低浓度的处理以促进发芽、生长也较得效果。由于农业涉及诸因子之复杂性，同样是臭氧，因浓度与处理方法的不同，对植物及生命体的影响也具有完全不同效果。
 
臭氧气体用于设施内植物
      臭氧发生器能有效防治暖棚中番茄、香瓜、黄瓜的霜霉病、灰霉病等，并能去除茄子、蘑菇类、盆花等的霉杂菌及蚜虫，还有促进生长之效果。小型温室只需装一台，在通路上方布管可达到很好扩散效果。
 
臭氧水用于大棚滴灌
      臭氧水滴灌可驱除营养液中藻类，也可用于营养液病害的杀灭。因采用根部浸渍栽培时，浓度在0.1MG/L以上会有损害，所以可在休闲期对营养液处理，或者以循环方式，即在营养液回流储存罐时，注入臭氧的间歇方式杀菌。
      例：单栋温室，350平方，均高2米。12-3月间使用HY-015型臭氧机，每1-2天开机一次，每次60分钟对空气净化，同时每3天往水箱中吹臭氧，100升的水箱曝气20分钟。经臭氧处理的大棚菜的状况：

臭氧喷雾防治空气传染性病菌
       选用抗叶霉病较弱的番茄品种，设4个试验区进行菌接种；
        1. 喷雾后修正浓度为0.3mg/l的臭氧水喷雾区
        2. 百菌清农药700倍稀释的农药喷雾区
        3. 蒸馏水喷雾区
        4. 无接种无喷雾对照区。
       每区各选8株在5-7枚主叶时，用喷雾器对叶子喷雾，然后计算发病率，只要叶子上出现病斑即算得病。 发病率=（总得病叶数/总叶数）*100（%）。 从目测结果也可得出臭氧区仅次于农药区，具有其抑制效果：

臭氧于集约化畜牧场应用
      畜牧养殖场大量的粪便引起的空气恶臭，恶臭物质中有许多低级胺类和硫化物类，臭氧可与这些物质反应，快速氧化、除臭，并同时对空气进行杀菌消毒。以及可用臭氧水对场地进行物体表面消毒。
 
高级氧化技术于净菜加工应用
      根据测试，使用普通家用臭氧机在水中曝气，能达到的臭氧水浓度为0.2～0.3mg/L，这种浓度下臭氧对各种农药基本无任何效果。法国Buescher等人的测试显示，对容易去除的有机磷农药，臭氧浓度要达5～10mg/L作用10～15分钟才能有满意的去除，而对有机氯农药，在20mg/L臭氧水下作用15分也才有50%去除。而只要超过浓度1～2mg/l臭氧水的浸泡会使果蔬漂白并且严重破坏营养，单独臭氧氧化去除农药无法达到效果。富水科技应用国外前沿的高级氧化技术，通过催化臭氧化过程，在水中形成具有很强氧化能力的自由基强化分解残余农药，提高了氧化能力和反应速度，同时因臭氧水浓度不需很高也不致破坏果蔬营养物质。